Krsnjavi diplomierte Malerei in München und Jura in Wien. Nach abgeschlossenem Studium reiste er durch Italien, wo er vor allem Stilleben und Landschaften malte und alte Meister der Renaissance kopierte. Für sein weiteres Schaffen war seine Begegnung mit dem Bischof J.J. Strossmayer in Rom von größter Bedeutung, denn danach begann ihre Zusammenarbeit bezüglich des Sammelns von Bildern bekannter Maler für eine zukünftige Galerie. 1875 kehrte er nach Zagreb zurück und dann begann auch der Bau der Galerie. Ab 1877 siedelte er sich für immer in Zagreb an und wurde der erste Professor am Lehrstuhl für Geschichte und Archäologie der Zagreber Universität. Wegen seiner intensiven öffentlichen Tätigkeit vernachlässigte er die Malerei, zu der erst nach dem I. Weltkrieg zurückkehrte.

Krsnjavi regte 1878 die Gründung der Gesellschaft für Kunst und 1882 der Schule für Handwerk und des Museums für Kunst und Handwerk an. Er unterstützte die Entwicklung der Kunsthandwerks und der volkstümlichen Schaffenskraft, schrieb die ersten fachlichen Kunstkritiken in Kroatien, erarbeitete die erste ständige Ausstellung der Strossmayerschen Galerie in Zagreb und reorganisierte das Archäologische Museum. Als er Vorsteher der Abteilung für Kultus und Unterricht (1891 - 896) veranstaltete er viele Ausstellungen und reorganiserte das Schulwesen, und in Zagreb wurden aufgrund seiner Aktivität viele neue Gebäude für kulturelle Institutionen errichtet (Theater, Künstlerateliers). Er ermöglichte vielen jungen Künstlern (Racki, Ivekovic, Crncic) Stipendien und Auslandsaufenthalte, so daß sie in die kroatische Kunst viele neue Strömungen einfliessen ließen.

Bekannt ist er auch als Kunsttheoretiker, der dem Esthetisieren, Historizismus und der Traditionalität geneigt ist.

Izidor Krsnjavi schuf durch seine Schöpfung einen nachhaltigen Beitrag zur kroatischen Kultur und Kunst.