Antun Bauer rođen je 1911. u Vukovaru. Osnovnu školu pohađao je u Vukovaru, a gimnaziju u Vukovaru i Osijeku. Filozofski fakultet, grupu povijest umjetnosti i arheologiju, diplomirao je u Zagrebu 1935. Nakon diplome duže je vrijeme boravio u Maloj Aziji obilazeći arheološke terene, a zatim je godinu dana bio na studiju na Sveučilištu u Beču i Münchenu gdje je obranio doktorsku tezu Rimska olovna plastika, na osnovi koje je 1939. promoviran u doktora filozofije.
Bio je demonstrator Arheološkog zavoda Sveučilišta u Zagrebu od 1939.-1942.
Godine 1937. osniva Gipsoteku u kojoj do 1952. godine bio ravnatelj. Za znanstvenog suradnika JAZU, na Odjelu za likovne umjetnosti, izabran je 1949. godine. Godinu dana kasnije dobio je prvu nagradu za muzeologiju u NRH. Godine 1952. postavljen je za direktora Hrvatskoga školskog muzeja za koji je izradio koncepciju stalnog postava i priredio niz muzejskih izložaba.
Vlastitim zbirkama i donacijama osnovao je nekoliko muzejskih ustanova i galerija u Hrvatskoj: 1937. Gipsoteku u Zagrebu; 1940. Galeriju slika u Osijeku; 1942. Arhiv za likovnu umjetnost u Zagrebu; 1948. Gradski muzej u Vukovaru; 1955. Galeriju slika u Vukovaru i niz drugih.
U rujnu 1955. pokrenuo je inicijativu za utemeljenje Muzejskoga dokumentacijskog centra koji je od 1955. do 1964. godine djelovao u okviru Hrvatskog školskog muzeja, da bi Zaključkom Muzejskog savjeta i u suglasnosti Republičkog sekretarijata za kulturu dana 21. I. 1964. MDC bio osnovan kao samostalni odjel Hrvatskog školskog muzeja u Zagrebu, a dvije godine kasnije, točnije 5. XII. 1966. bilo je izvršeno pripajanje MDC-a Tehničkome muzeju u Zagrebu.
Kao samostalna ustanova MDC je registriran 22. VII. 1968. na adresi Mesnička 5. u Zagrebu za čiji je rad Bauer ustupio sav materijal: dokumentaciju, fotodokumentaciju i knjižnicu koja se odnosi na muzeološku problematiku.
Pokrenuo je poslijediplomski studij muzeologije na Sveučilištu u Zagrebu i predavač na istom studiju od 1966.-1989. Pokretač je i časopisa Muzeologija, a prve brojeve tog muzejskog časopisa (koji i danas izlazi u izdanju MDC-a), objavio je o vlastitom trošku. Sudjelovao je na brojnim skupovima, simpozijima, putovanjima, međunarodnim studijima, (u Francuskoj, Engleskoj, Austriji, Njemačkoj, Grčkoj, Italiji ), gdje je održao velik broj predavanja. Za svoj rad na području muzeologije dobio je niz priznanja i nagrada, ali je Nagradu Hrvatskog muzejskog društva "Pavao Ritter Vitezović", koja se dodjeljuje za životno djelo odbio 6. siječnja 1975. s obrazloženjem da "svoje životno djelo nije završio...i da ima mnogo starijih i zaslužnijih...kojima je ta nagrada daleko potrebnija..."
Ipak mu je godine 1986. dodijeljena Nagrada "Pavao Ritter Vitezović" za životno djelo.
Antun Bauer umro je 9. travnja 2000. godine u 89. godini.

Napomena: Antun Bauer je umro prije pokretanja projekta Personalni arhiv MDC-a. Svi podatci su preuzeti iz arhiva MDC-a.