Stvaranje zbirki kulturno povijesne i umjetničke građe počinje povratkom franjevaca u Vukovar 1687. godine nakon oslobađanja ovog područja od otomanske vlasti i traje više od tri stoljeća. Na vrijednost tih zbirki ukazivala su već djela starijih povjesničara poput fra Placida Belavića i fra Paškala Cvekana. Tragični događaji, razaranja i okupacija u velikosrpskoj agresiji na Vukovar i Hrvatsku od 1991. do 1996. godine potencirali su potrebu za sustavnim prikupljanjem, valorizacijom, čuvanjem i prezentacijom muzejske građe, što je sada izvedeno uz pomoć Gradskog muzeja Vukovar. S obnovom franjevačkog kompleksa, pored stambenog trakta redovnika i klauzure, otvorio se i prostor za muzej na dvije etaže, u koji su uvršteni riznica s vrijednim umjetničkim blagom, galerija slika starih majstora, knjižnica raritetnih knjiga, a posjetiteljima je omogućen pristup crkvi, kripti, zvoniku i klaustru, novoj knjižnici s čitaonicom te ostalim sadržajima poput vinoteke i suvenirnice, uključujući i vanjski prostor u kojem se nalazi Pastoralni centar sv. Bono i šetnica s pogledom na Dunav. Franjevački muzej, s već posvećenom crkvom sv. Filipa i Jakova, daruje novu dimenziju u bogatoj kulturnoj i povijesnoj baštini Vukovara. (Sažetak preuzet s https://franjevacki-samostan-vukovar.hr/o-nama/)

Knjižnica Zagrebačke nadbiskupije Metropolitana čuva mnoga raritetna djela europske i hrvatske pisane baštine iz gotovo svih područja znanosti i kulture. Posjeduje oko 150 starijih rukopisa (11.-16. st.), među kojima su mnogi bogato iluminirani svjetski rariteti. Pedesetak rukopisa iz razdoblja 17.-19. st. ubraja se u metropolitanske raritete, a u knjižnici se čuva i najveća zbirka inkunabula u Hrvatskoj (252). Tu je i oko 300 “mlađih rukopisa” (18.-19. st.), a posebno je vrijedna zbirka s približno 1.500 naslova iz 16. st., koji se danas ubrajaju u rijetkosti. Iz male no vrijedne zbirke atlasa i zemljopisnih karata dragocjeni su atlasi Orteliusa i Jansona. Posebna je vrijednost Valvasorova knjižnica čiji je velik broj knjiga iz gotovo svih područja znanosti ukrašen bakrorezima poznatog umjetnika M. Meriana. J. W. Valvasor za života je skupio vrijednu grafičku zbirku od oko 7.300 grafika i crteža nastalih u razdoblju 15.-17. st. Metropolitana danas ima oko 60.000 svezaka knjiga i pohranjena je u Hrvatskome državnom arhivu. Voditelj knjižnice vlč. Vladimir Magić autor je opsežnog kataloga knjiga iz 16. st. koja obuhvaća djela cjelokupne znanosti onoga vremena, a ne samo teoloških disciplina. Katalog se sastoji od tri osnovna dijela. Prvi dio daje abecedni pregled autora s kratkim naslovima svih njihovih djela. Drugi, glavni dio kataloga, sadržava cjelokupni kataložni opis svih djela uređen prema abecednom redu prvih riječi naslovne stranice. Treći dio čine različita kazala koja jedinstvenim kataložnim brojem povezuju svaku jedinicu s prvim i drugim dijelom kataloga.